目的本研究以北京市通州区某区域纵向医联体为样本,分析新冠肺炎疫情下医联体的运行情况,以问题为导向,提出新发重大传染病疫情下完善医联体建设的意见和建议。方法收集医联体各成员单位2019年12月、2020年1月、2020年2月门诊人次、转诊人次、会诊人次、进修培训人次等数据,运用描述性分析、秩和检验等方法进行统计分析。结果医联体内各医疗机构受疫情影响门诊人次均有大幅下降; 2019年12月、2020年1月、2020年2月,基层医疗卫生机构上转人次标准化值分别为212、45、4,差异有统计学意义（H=6. 781,P=0. 034）;核心医院下转人次分别为308、146、20,差异有统计学意义（H=7. 573,P=0. 023）;医联体成员单位间会诊人次分别为32、20、0,差异有统计学意义（H=8. 873,P=0. 012）;进修培训人次分别22、2、0,差异有统计学意义（H=11. 225,P=0. 004）。结论新冠肺炎疫情对医联体建设造成一定影响,医联体在疫情防控中发挥作用不明显。下一步应完善畅通双向转诊机制,应用远程会诊技术拓宽联动机制,提升基层医疗卫生机构传染病预警、诊断能力,切实发挥区域纵向医联体在新发重大传染病疫情防控中的作用。