目的比较多位点系统发育分析（MLPA）、质谱仪和生化仪鉴定气单胞菌的效果,为气单胞的种间分型和分类研究提供参考依据。方法收集2014年12月至2017年10月北京友谊医院住院患者及门诊腹泻患者气单胞菌分离株,利用VITEKMS质谱仪、VITEKⅡ全自动细菌鉴定仪和MLPA方法进行鉴定。结果气单胞菌经MLPA分析分为维氏气单胞菌、豚鼠气单胞菌、嗜水气单胞菌、达卡气单胞菌、肠棕气气单胞菌、中间气单胞菌、圣雷利气单胞菌、台湾气单胞菌、双壳类气单胞菌及异嗜糖气单胞菌10种。质谱仪对气单胞属的鉴定率为100.0%,在种型鉴定上,鉴定率为16.2%,对肠棕气单胞菌的正确鉴定率为83.3%（5/6）,对中间气单胞菌的正确鉴定率为50.0%（1/2）。生化仪对气单胞属的鉴定率为89.2%,在种型鉴定上,鉴定率为0,均为不确定或错误鉴定。结论 MLPA对气单胞菌属和种型鉴定最准确,而质谱仪在气单胞菌属和种型鉴定上均优于生化仪,质谱仪对少见肠棕气单胞菌及中间气单胞菌有一定分辨能力。