目的应用靶基因的多重定量PCR方法对肺孢子菌肺炎（PCP）患者呼吸道标本中肺孢子菌进行检测,比较3种方法的检测性能。方法提取PCP患者呼吸道标本DNA,分别以Pj线粒体大亚基rRNA（mtLSUrRNA）、主要表面糖蛋白（Msg）、二氢叶酸合成酶（DHPS）为靶基因进行定量PCR检测,以临床诊断为金标准评价Mt-qPCR,Msg-qPCR和DHPS-qPCR 3种方法的敏感性、特异性、阳性预测值和阴性预测值。结果Mt-qPCR敏感性95.9%,特异性82.9%,阳性预测值83.8%,阴性预测值95.6%,Youden指数0.788,受试者工作特征曲线（ROC）下面积0.942（P(0.01）,95%置信区间（CI）0.909-0.975;Msg-qPCR敏感性63.9%,特异性92.4%,阳性预测值88.6%,阴性预测值73.5%,Youden指数0.563,ROC曲线下面积0.795（P(0.01）,95%CI 0.730-0.860;DHPS-qPCR敏感性49.5%,特异性98.1%,阳性预测值96.0%,阴性预测值67.8%,Youden指数0.476,ROC曲线下面积0.740（P(0.01）,95%CI0.669-0.811。PCP诊断组中Mt-qPCR、Msg-qPCR和DHPS-qPCR同时阳性43例（44.3%）,任意2种方法阳性20例（占20.6%）,任意1种方法阳性34例（占35.1%）;非PCP组中任意2种方法阳性5例（占4.8%）,任意1种方法阳性18例（占17.1%）,3种方法均为阴性82例（78.1%）,两组复合阳性率（100%与21.9%）比较差异有统计学意义（χ2=127.5,P(0.05）。结论以临床诊断为金标准,Mt-qPCR方法优于Msg-qPCR和DHPS-qPCR,联合使用含有MtqPCR在内的2种以上qPCR方法能提高PCP诊断的符合率。