【目的】分析沙眼衣原体感染HeLa细胞后宿主细胞中长链非编码RNA（long noncoding RNA,LncRNA）的差异表达谱,并探讨可能的潜在机制。【方法】抽提沙眼衣原体E型标准株感染的HeLa细胞和对照HeLa细胞的RNA,利用LncRNA芯片技术分析并筛选2组之间差异表达的LncRNA。定量PCR验证基因芯片的结果,对差异表达的LncRNA进行GO（gene ontology）功能分析和KEGG通路分析。【结果】共筛选获得2 936个差异表达LncRNA,其中上调表达的有1 366个,下调的有1 570个。GO功能分析和KEGG通路分析结果显示,这些LncRNA与病毒防御反应、炎症反应、细胞内吞、细胞内信号转导、免疫反应相关,并且主要富集在Notch信号通路、肿瘤坏死因子α（tumor necrosis factorα,TNF-α）信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用等相关通路上。【结论】沙眼衣原体感染宿主细胞后LncRNA的表达有显著差异,提示其可能在沙眼衣原体与宿主细胞的相互作用中发挥重要作用。