目的评估黄连素对艰难梭菌相关性腹泻模型（CDAD）小鼠肠道菌群的调节作用。方法 50只C57BL/6小鼠按照数字表法随机分为5组,每组10只。空白对照组不给予任何干预。余下4组小鼠经抗生素混合液预处理和克林霉素腹腔注射后给予艰难梭菌108CFU/L灌胃,建立抗生素诱导菌群失调致艰难梭菌相关性腹泻动物模型。造模组造模后不予药物治疗,黄连素组、万古霉素组、联合用药组分别给予黄连素100mg/（kg·d）、万古霉素50mg/（kg·d）及二者联合灌胃治疗。治疗结束后处死小鼠,取回盲部内容物进行Illumina Miseq PE300高通量测序检测菌群变化情况。结果 CDAD小鼠模型肠道三大菌门的构成比（厚壁菌门48.52%,拟杆菌门0.19%,变形菌门51.29%,γ-变形菌纲成为优势细菌）与正常对照组（厚壁菌门55.55%、拟杆菌门35.13%、变形菌门8.81%,其中以δ-变形菌纲和ε-变形菌纲为主）相比发生显著改变。万古霉素组厚壁菌门9.72%,拟杆菌门64.00%,变形菌门26.10%,仍以γ-变形菌纲为主。黄连素组厚壁菌门21.95%,拟杆菌门70.72%,变形菌门3.36%,以δ-变形菌纲为优势菌。联合用药组厚壁菌门54.17%,拟杆菌门44.35%,变形菌门1.42%,δ-变形菌纲再次成为优势细菌。结论在艰难梭菌相关性腹泻小鼠模型中,黄连素可显著抑制多形菌门肠杆菌科细菌的繁殖,促进了小鼠肠道菌群的恢复,与万古霉素联合应用可减少万古霉素单独治疗的复发问题。