目的评价Gene Xpert实时荧光定量PCR法在诊断艰难梭菌感染中的应用价值。方法收集住院腹泻患者非重复粪便标本296份,同时进行Gene Xpert试验和产毒素培养（toxigenic culture,TC）。TC包括厌氧培养、菌株基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）鉴定、PCR扩增艰难梭菌毒素基因。以TC结果为参考,评价Gene Xpert试验的敏感性、特异性、阳性预测值、阴性预测值,并评价Gene Xpert试验和TC 2种方法结果的一致性。结果 Gene Xpert试验的敏感性、特异性、阳性预测值和阴性预测值分别为98.5%、92.6%、91.7%和98.7%。Gene Xpert试验与TC一致性好（Kappa=0.905）。Gene Xpert试验报告2株RT027型高毒力菌株,经核糖体分型确证为RT027型艰难梭菌。结论 Gene Xpert实时荧光定量PCR可快速、准确检测粪便标本中的艰难梭菌毒素基因,且可报告高毒力RT027型菌株,具有重要的临床应用价值。