双黄连注射液（双黄连）与环丙沙星注射液（环丙沙星）在临床联合用药的情况时有发生,但联合用药合理性评价手段薄弱。本研究采用等温滴定量热技术和紫外光谱初步发现双黄连及其主要成分绿原酸、新绿原酸与环丙沙星均存在分子互作;采用扫描电镜、红外光谱、冷喷雾电离质谱技术证实这种分子互作与绿原酸、新绿原酸能和环丙沙星通过分子间弱键诱导形成自组装超分子体系有关;进一步利用铜绿假单胞菌评价其药物分子互作生物效应（抑菌活性）,发现双黄连、绿原酸、新绿原酸与环丙沙星互作后对铜绿假单胞菌的抑菌能力均显著降低;通过分子对接研究发现,其抑菌能力降低与药物分子在铜绿假单胞菌DNA旋转酶B亚单位（DNA gyrase B, GyrB）有相同结合位点而产生竞争性结合密切相关。本研究从分子自组装角度,揭示了双黄连及其主要成分绿原酸、新绿原酸与环丙沙星存在分子间互作且会导致抑菌能力降低,为双黄连与环丙沙星临床联合用药合理性评价提供了参考依据。