目的采用常规PCR、巢式PCR（Nest PCR,nPCR）和定量PCR（Quantitative PCR,qPCR）检测耶氏肺孢子菌（Pneumocystis jirovecii,Pj）特异性核酸片段,调查脑瘤手术患者咽喉部吸取液中的Pj。方法选取无肺炎脑瘤手术患者108例,留取手术咽喉部吸取液,分别以线粒体大亚基rRNA（Mitochondrial large subunit rRNA,mtLSUrRNA）为靶基因的常规PCR（Mt-PCR）和巢氏PCR（Mt-nPCR）,以及主要表面糖蛋白（Major surface glycoprotein,Msg）为靶基因的常规PCR（Msg-PCR）,检查咽喉部吸取液中Pj特异性核酸片段,阳性标本进行qPCR,检测分别以mtLSUrRNA和Msg为靶基因的拷贝数。结果 108例脑瘤手术患者咽部吸取液Mt-nPCR、Msg-PCR及Mt-PCR扩增阳性率率分别为41.7%（45/108）、15.7%（17/108）和4.6%（5/108）,其中3种检测方法同为阳性1例（占0.9%）,任意2种方法阳性11例（占10.2%）,Mt-nPCR和Msg-PCR任意1种方法阳性42例（占38.9%）,3种方法均阴性54例（占50.0%）。54例PCR检测阳性的标本同时进行mtLSUrRNA定量PCR（Mt-qPCR）和Msg定量PCR（Msg-qPCR）检测,其中MtqPCR检测为100999拷贝/μl 2例（占3.7%）,1 0009 999拷贝/μl有49例（占90.7%）,≥104拷贝/μl有3例（占5.6%）;Msg-qPCR检测为1 0009 999拷贝/μl 14例（占25.9%）,10 00099 999拷贝/μl 21例（占38.9%）,100 000999 999拷贝/μl 14例（占25.9%）,≥106拷贝/μl有5例（占9.3%）。54例中Msg-qPCR拷贝数)Mt-qPCR拷贝数51例（占94.4%）,Msg-qPCR拷贝数(Mt-qPCR拷贝数3例（占5.6%）。结论核酸扩增法检测脑瘤手术患者咽喉部吸取液Pj阳性率为50.0%,其中Mt-qPCR检测多数为103拷贝/μl,Msg-qPCR检测多数为103105拷贝/μl,解读需谨慎。