目的利用常规PCR、巢式PCR（Nest PCR,n PCR）和定量PCR（Quantitative PCR,qPCR）方法,调查非肺孢子菌肺炎（Non-Pneumocystis pneumonia,non-PCP）患者支气管肺泡灌洗液（Bronchial alveolar lavage fluid,BALF）中耶氏肺孢子菌（Pneumocystis jirovecii,Pj）的检出情况。方法入选non-PCP患者50例留取BALF,分别以线粒体大亚基r RNA（Mi-tochondrial large subunit r RNA,mt LSUr RNA）为靶基因进行常规PCR（Mt-PCR）和巢氏PCR（Mt-nPCR）,以主要表面糖蛋白（Major surface glycoprotein,Msg）为靶基因进行常规PCR（Msg-PCR）,检测Mt-PCR,Mt-nPCR和Msg-PCR三种方法的Pj特异性核酸片段检出率,并对PCR检出为阳性的样本分别用以mt LSU r RNA和Msg为靶基因的qPCR来检测相应Pj核酸片段拷贝数。结果 50例BALF中,Mt-n PCR、Mt-PCR及Msg-PCR的检出率分别为56%（28/50）、36%（18/50）和26%（13/50）,其中三种检测方法同时阳性5例（10%）,任意两种方法阳性13例（26%）,任意一种方法阳性18例（36%）,三种方法均为阴性14例（28%）。36例PCR检测结果阳性的标本分别进行mtLSUrRNA定量PCR（Mt-qPCR）和Msg定量PCR（Msg-qPCR）检测,其中Mt-qPCR检测结果为:1 000拷贝/μL9 999拷贝/μL有36例（100%）;Msg-qPCR检测结果为:100拷贝/μL999拷贝/μL有3例（8.3%）,1 000拷贝/μL9 999拷贝/μL有16例（44.4%）,10 000拷贝/μL99 999拷贝/μL有9例（25%）,105拷贝/μL以上8例（22.2%）。36例配对检测qPCR样本中,Msg-qPCR拷贝数大于Mt-qPCR拷贝数样本28例（77.8%）。结论在non-PCP患者BALF中,Pj核酸扩增方法的检出率为72%,Mt-qPCR拷贝数主要位于103拷贝/μL数量级,Msg-qPCR拷贝数主要分布于103至105拷贝/μL。用核酸扩增方法在BALF中检测出Pj时,临床意义解读需要谨慎。