目的分析阐明乳腺癌肿瘤干细胞标志物在乳腺癌的化疗敏感性和术后复发中的临床意义。方法利用GEO公共数据库GSE25066、GSE32603共2个系列,提取临床数据包括新辅助化疗疗效的病理评价、术后随访复发与否及复发时间,提取如下18个乳腺癌肿瘤干细胞标志物基因的表达水平:CD44、CD24、EPCAM、CD49f、PROM1、CD61、ALDH1A1、CD10、ALDH1A3、ABCG2、RANK、CD47、CD166、SLUG、SOX2、SXO9、SOX10、MYC。GSE25066共488例患者,根据术后病理结果分为病理完全缓解（pCR）组（n=99）和癌组织残留（RD）组（n=389）,分别利用Logsitic、lasso、COX回归分析每个肿瘤干细胞标志物与化疗敏感性的相关性;另外纳入包含完整随访资料病例418例,分为复发组（n=111）和未复发组（n=307）,分析肿瘤干细胞标志物与肿瘤复发的相关性;GSE32603系列包括166例乳腺癌患者新辅助化疗前后的基因表达结果,分析化疗前后标志物表达水平变化,明确化疗对干细胞的富集作用。结果化疗敏感性相关分析中,肿瘤干细胞标志物CD44（OR=0.78,95%CI:0.63～0.98）、SLUG（OR=0.80,95%CI:0.68～0.93）与新辅助化疗敏感性负相关,CD24（OR=1.18,95%CI:0.97～1.47）与化疗敏感性呈正相关。在复发相关性分析中,证实CD44+（OR=1.22,95%CI:0.98～1.51）、CD24low（OR=0.94,95%CI:0.79～1.11）、SANI2（OR=1.17,95%CI:1.00～1.37）高表达者复发率高。随着化疗进展,MME、CD49f、SOX10、MYC和SOX9标志物呈现富集过程（P(0.05）。结论乳腺癌干细胞标志物CD44+CD24-以及SLUG可以用于预测新辅助化疗疗效、肿瘤治疗后复发,是研究乳腺癌干细胞比较稳定的标志物。